Великолепный полузащитник начинал свою профессиональную карьеру в клубе "Лас-Пальмас" в 1994-м году. Уже тогда болельщики окрестили его прозвищем "El mago" (маг), которое закрепилось за игроком на всю оставшуюся карьеру. За свой высокий рост и небольшой вес Валерона также называли El palanca (шест) или El flaco (худой).

    Всю свою карьеру полузащитник провёл в Испании, сменив всего четыре команды. После "Лас-Пальмас" Хуан Карлос отправился в "Мальорку", откуда поступило предложение из столицы. Тогда Валерон перебрался в мадридский "Атлетико". А в 2000-м году El mago сделал, возможно, самый правильный выбор в жизни и оказался в "Депортиво", в составе которого провёл на поле 11 счастливых лет и 229 матчей. Пройдя все молодёжные сборные Испании, Валерон в 1998-м году дебютировал за национальную команду, за которую в итоге провёл 46 поединков.   

    Что касается "Депортиво", то уже в первом своём сезоне в клубе футболист выиграл суперкубок Испании, а через два сезона выиграл кубок Короля и свой второй суперкубок страны. Блестящая игра Валерона вынудила кумира галисийских болельщиков, бразильского полузащитника Джалминью сначала "осесть" на скамье запасных, а затем и уйти из клуба.

    В феврале 2004 года Валерон подписал с "Депортиво" контракт до 2011 года, пожелав выступать за клуб до завершения карьеры. Начиная с первого месяца зимы 2006 года у Валерона началась череда травм, сначала крестообразной связки колена, а затем в августе того же года, когда начался период восстановления, у Хуана Карлоса случился рецидив и 24 марта 2007 года он был повторно прооперирован. Лишь 27 января 2008 года Валерон вновь вышел на поле на 75-й минуте встречи с "Вальядолидом", спустя 133 дня с момента предыдущего выступления. В сезоне 2008-2009 Валерон уже полностью вернулся на поле и завоевал место в "основе" команды.

    1 мая 2010 года Валерон подписал новый 5-летний контракт с "Депортиво", который подразумевал под собой работу в структуре клуба после завершения карьеры профессионального футболиста. Кроме того, Хуан Карлос Валерон не забывает о местечке, в котором он родился. На Канарских островах он создал футбольную команду "Уньон Абрисахак" (C.D.Union Abrisajac), которой руководят его братья.

    Ну а досрочное завершение карьеры выдающегося полузащитника связано с тем, что "Депортиво" по итогам минувшего сезона покинул примеру. Таким образом, Валерон принял решение уйти. Играть в плотном графике сегунды легенда клуба уже не в силах.